在《輻射4》這款遊戲中，是否應該滅掉學院是一個有爭議的話題，不同的玩家可能會有不同的看法。以下是一些支持滅掉學院和保留學院的理由：
支持滅掉學院的理由：
自視神明，藐視眾生
學院在《輻射4》中把自己看成是廢土的救世主，但實際上卻把外麵的人當作下等生命和試驗材料。這種自視甚高的態度讓人難以接受。
麵對輻射，毫無作為
學院在應對廢土上的輻射汙染問題上表現得無能為力。例如，麵對發光海造成的輻射汙染，學院沒有采取有效的措施來清理，而是依賴其他組織如兄弟會或民兵來解決問題。
利用廢土居民作為實驗材料
學院把廢土居民抓去當作實驗材料，這種行為嚴重侵犯了人權，違背了廢土居民的基本生存權利。
師出無名
學院對民兵的剿滅行動師出無名，民兵隻是發展壯大，並沒有直接威脅到學院的利益，學院卻以此為由進行打壓。
支持保留學院的理由：
肖恩是聖父
如果肖恩不是聖父，而是換了一個從別的冰櫃避難所抱出來的角色，學院的形象和立場可能會有所改變，這可能會影響玩家對學院的態度。
學院有強大的合成人勞動力
學院擁有不怕輻射、勞動力廉價的合成人，這些合成人可以勝任清理發光海等危險任務，從實際角度來看，學院在廢土上的生存和貢獻是顯而易見的。
